Pada masa kolonial, Pemerintah Belanda mendirikan beberapa macam perusahaan yang bergerak di bidang perdagangan, berupa kantor cabang suatu perusahaan asing, perusahaan lokal yang mewakili perusahaan luar negeri, agen tunggal, perusahaan yang sudah berdiri dari perusahaan induknya di luar negeri, dan perusahaan berbadan hukum dengan anak perusahaan yang berdomisili di Hindia-Belanda.
Di antara perusahaan-perusahaan tersebut, yang terbesar adalah The Big Five, dengan keunggulan manajemen dan jaringan pemasaran ke seluruh pelosok dengan tujuan untuk mengekspor rempah-rempah ke Eropa.
Setelah kemerdekaan Indonesia, Pemerintah Indonesia menasionalisasi semua perusahaan perdagangan tersebut menjadi perusahaan milik negara. The Big Five menjadi cikal bakal perusahaan dagang dan disebut Niaga pada tahun 1950-an.
Perusahaan-perusahaan yang dinasionalisasi bertanggung jawab untuk perdagangan dan pendistribusian komoditi dasar seperti makanan pokok (beras, tepung, jagung, dan lain-lain) di samping rempah-rempah tradisional. Mereka juga bertanggung jawab untuk perdagangan dan distribusi komoditas produk-produk pertanian (pupuk dan pestisida, bahan kimia dan lain-lain) dan produk konsumen (tekstil, otomotif, dan lain-lain). Untuk itu, pemerintah memberikan hak khusus untuk beroperasi dalam jangka peraturan, modal, dan aset.
Pada bulan Juni 2003, Pemerintah Indonesia memutuskan untuk menggabungkan tiga perusahaan niaga yaitu PT Tjipta Niaga (Persero), PT Dharma Niaga (Persero) dan PT Pantja Niaga (Persero), menjadi satu perusahaan niaga yaitu PT Perusahaan Perdagangan Indonesia (Persero) yang berlaku efektif sejak tanggal 31 Maret tahun 2003 berdasarkan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 22 tahun 2003 yang ditujukan untuk meningkatkan efisiensi manajemen, memaksimalkan keuntungan, integrasi bisnis dan meningkatkan kepemilikan aset.
Pada 02 Desember 2021 PPI dan BGR resmi bergabung berdasarkan Akta Notaris Aulia Taufani, SH Nomor 3 yang disahkan oleh Kemenkumham Nomor AHU-AH.01.10-0014967 tentang Penerimaan Pemberitahuan Penggabungan Perseroan Perusahaan Perseroan (Persero) PT Perusahaan Perdagangan Indonesia.
Saat ini, PPI merupakan perusahaan yang bergerak pada bidang bisnis perdagangan domestik, internasional, dan pergudangan dan logistik yang terdigitalisasi. Melalui tahapan inisiatif strategis dengan memperbaiki fundamental (2021), Unlock The Value (2022-2023) dan World Class Company (2024) dan seterusnya.
